463 wurde Michael I. (Bruckfelder) erwählt, dem aber schon 1570 (da jener Abt in Seitenstetten ward 28) Abraham (Häggl) folgte. Nach fünf Jahren ward Abt Georg Andreas, der das Stift löblich regierte bis 18. Juni 1585, wo er starb. An seine Stelle kam Michael II. (Raab), welcher viele Prozesse gegen seine Untertanen, die protestantisch gesinnten Pfarrkinder von Haidershofen und einige Herrschaften führen musste, er starb am 20. September 1599. Nun wurde das Kloster bis 1601 von Johann Wilhelm Heller verwaltet, da aber dieser als Abt nach Garsten kam, wurde noch 1601 Johann Nikolaus (Seid) von Kremsmünster als Abt postuliert, welcher gleich anfangs den protestantischen Herrn von Neuhaus gerichtlich zwang, das widerrechtlich an sich gerissene Patronatsrecht über die Filiale Stadlkirchen abzutreten, die weggenommenen Schlüssel und Ornate dem Kloster zurückzugeben und den lutherischen Prediger abzuschaffen; er starb schon am 9. Juli 1608 und nun wurde das Kloster von Kaspar Plauz (von Kremsmünster) durch ein Jahr verwaltet, da er aber 1609 oder 1610 Abt zu Seitenstetten ward, erhielt die Würde eines Abtes zu Gleink Valentin I. (Stammler), er ward kaiserlicher und bischöflich-bambergischer Rat, aber 1619 durch Postulation Abt zu Maria-Zell in Unterösterreich. Gleink stand nun wieder zwei Jahre unter der Verwaltung des Maximilian Lechner; 1621 ward Benediktus Schraffnagel (auch vom Stifte Kremsmünster) Administrator, der auch später 1631 zum Abte erwählt wurde. Unter seiner Verwaltung geriet das Stift in eine große Schuldenlast, größtenteils durch den Bauernkrieg, in dem dasselbe geplündert, das Archiv verwüstet und die Urkunden zerrissen oder zerstreut wurden. Er starb am 3. April 1648 und nun wurde als Abt erwählt Augustin (Kausler), unter welchem der Zustand des Stiftes auch schlecht war durch die großen Quartiere und Bedrückungen der Untertanen durch die Soldaten, welche alles, selbst die Filiale von Haidershofen, auf der Burg genannt, ausplünderten. Diese traurigen Umstände und seine immerwährende Unpässlichkeit bewog ihn seine Würde 1658 niederzulegen, er starb auch bald darauf am 7. Jänner 1659. Noch in diesem Jahre wurde Cölestin (von Pestaluz), vom Stifte Kremsmünster, als Abt postuliert, er ward auch k. k. Rat. 28) Catalogus monasterii Steitenstettensis in fine.
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