Im 14., 15. und auch 1m 16. Jahrhundert fanden die Stadler von Stadelkirchen und die Kerschberger ihr Erbbegräbnis in Gleink und bedachten daher dieses Kloster mit reichen Gaben. In der Auseinandersetzung zwischen Kaiser Friedrich und Matthias Corvinus von Ungarn erlitt Gleink großen Schaden. Eine Schädigung des Klosters und dessen Besitzungen war auch der Türkenrummel von 1529. Kasim Pascha drang mit 30. 000 Reitern bis an die Enns vor und verbrannte auf den Raubzügen verschiedene Güter des Stiftes. Die Schäden im Jahre 1532 waren größer. Am 9. September übersetzten die Osmanen bei Ernsthofen die Enns und zogen gegen Gleink, steckten die Kirche von Dietach und das Schloß Stadelkirchen in Brand. Gleink selbst konnte sich der Angreifer erwehren. Das Auftreten protestantischer Prediger beeinträchtigte das Wirken des Klosters. Im Bauernkrieg von 1626 flohen die geistlichen Herren mit einer Ausnahme aus Gleink. Die Bauern bemächtigten sich des Klosters und plünderten es. Auch durch den Dreißigjährigen Krieg erlitt das Kloster großen Schaden, vor allem durch die Einquartierung kaiserlicher Truppen. Doch nach diesen Kriegsjahren wurden unter Abt Zölestin I. (1658 bis 1678) neue Bauten errichtet. So wurde in der Kirche der herrliche Altar von Sebastian Gründler aufgestellt (1664). Abt Rupert I. (1678 bis 1708) vollendete den Kirchenbau mit der Erhöhung des Kirchturmes, der Errichtung von Gebäuden an der Westseite der Getreidekästen, der Hofmeisterei und des großen Meierhofes. 1702 ließ er das Konventgebäude errichten und die Mauern des Einfahrtstores mit zwei runden Türmen schließen. Nach den Plänen des berühmten Klosterbaumeisters Jakob Prandtauer wurde 1708 die sehenswerte Marienkapelle errichtet. Mit Recht pries man Rupert als zweiten Stifter der Klösterlichen Niederlassung. Unter Rupert II. (1709 bis 1735) wurde um 1720 der reizvolle Zwergengarten angelegt. Am 21. Mai 1784 wurde das Stift, damals unter dem Abt Wolfgang II. , aufgelöst. Die Mitglieder des Konventes kamen nach Garsten und Kremsmünster, der Prälat als Dechant und Pfarrer nach Enns. Durch Hofkanzleidekrete der Jahre 1785 und 1791 wurde Gleink dem Bischof von Linz als Real-Dotation überlassen. In der Folgezeit wählten die Bischöfe von Linz das ehemalige Stiftsgebäude zu Gleink als Sommersitz.
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